真菌生態

雖然真菌沒有辦法像植物（生產者）一樣靠光合作用製造養分生存，也沒有辦法像生態系中的草食或肉食動物（消費者）一樣取食，但是真菌和其他生物間存在著一些特殊關係，真菌也因此被稱為生態系中的分解者。

腐生

大多數的真菌分解並利用生物的遺骸或其他有機物質（如：糞便），使得有機物可以加速回歸到生態系內，繼續地被利用，形成生生不息的循環系統。如果沒有真菌和細菌的分解作用，您可以想像一下：「地球上將會堆滿了什麼？」，沒錯！堆滿了屍體和糞便，那將是多麼可怕的景象，人們可能連個站立的地方都很難，讓人不由得不讚嘆造物的奇妙！

寄生

有些真菌會對被它們寄生的生物（寄主）造成病害，例如：蟲草菌寄生在昆蟲身上，導致昆蟲死亡，後來從昆蟲身上長出的子實體就是冬蟲夏草。有些真菌寄生在人體身上會直接危害人體的健康，例如：皮膚癬、香港腳等疾病。

共生

共生是指兩種不同的生物共同生活在一起，互蒙其惠或片利共生的現象。與真菌共生的生物，例如：地衣是藻類與真菌的共生體，真菌負責抓住地面並吸收水氣，藻類負責光合作用；雞肉絲菇與白蟻共生的共生關係中，白蟻以雞肉絲菇的菌絲為食，而白蟻的嘔吐及排泄物質是雞肉絲菇養分的來源；另外，90%維管束植物的根需要菌根菌這類真菌共生，藉由菌根菌的幫助，來吸收比更多的水分和礦物質，美洲西北海岸的雲杉甚至靠著真菌才能生存，而大部分蘭花的種子則是因著與真菌共生才能發芽生存。